Z pięciorga dzieci przeżyła go tylko jedna córka, którą pojął za żonę, zgodnie z lubeckim zwyczajem, nowy organista kościoła, Johann Christian Schieferdecker.
Twórczość Twórczość Buxtehudego (obok Nicolausa Bruhnsa) stanowi szczytowe osiągnięcie północnoniemieckiej szkoły organowej. Styl gry i komponowania utworów zyskał szerszy rozgłos i miał duży wpływ m.in. na Jana Sebastiana Bacha, który w 1705 przybył do Lubeki, by posłuchać Buxtehudego, a oczarowany został dłużej, niż planowano. Dwa lata wcześniej (w 1703) muzyka odwiedzili Georg Friedrich Händel i Johann Mattheson.
Dietrich Buxtehude komponował głównie muzykę organową i kościelną muzykę wokalną, co miało związek z jego pracą muzyka kościelnego. Sławę zapewniły mu wśród współczesnych przede wszystkim Preludia. Katalog twórczości kompozytora, Buxtehude-Werke-Verzeichnis (w skrócie BuxWV) obejmuje 275 utworów, w tym: utwory wokalne (BuxWV 1-135): kantaty (1–112); inne utwory wokalne, w tym 8 arii, 3 motety, 1 msza, 2 kanony itp.