Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Frontzeck został trenerem. Jego pierwszym klubem była Alemannia Aachen z Bundesligi, którą trenował od września 2006 roku. W Bundeslidze jako trener zadebiutował 16 września 2006 roku w wygranym 4:2 meczu z Borussią Mönchengladbach. W 2007 roku spadł z Alemannią do 2. Bundesligi. Wówczas przestał być szkoleniowcem Alemannii.
W styczniu 2008 roku podpisał kontrakt z Arminią Bielefeld z Bundesligi. Pracował tam 1,5 roku, do końca sezonu 2008/2009, w którym spadł z zespołem do 2. Bundesligi.
Od początku sezonu 2009/2010 do 13 lutego 2011 Frontzeck był trenerem Borussii Mönchengladbach.
W październiku 2012 został trenerem FC St. PauliMichael Frontzeck nowym trenerem FC St. Pauli , w którym pracował do listopada 2013.
W 2015 roku był trenerem Hannover 96.
Od 1 lipca 2018 do 1 grudnia 2018 został trenerem Kaiserslautern.
Życie prywatne Frontzeck jest żonaty od 12 kwietnia 1987 roku i ma dwoje dzieci.