Rozwój kolei aglomeracyjnej W 2006 roku uruchomiono połączenie kolejowe do lotniska w Balicach, jednakże mocno wyeksploatowane torowisko, używane przez pociągi dowożące paliwo do lotniska oraz w celach wojskowych, a także brak infrastruktury przystankowej uniemożliwiały korzystanie z pociągu mieszkańcom Mydlnik.
W lutym 2014 roku rozpoczęła się przebudowa linii kolejowej do lotniska w Balicach. W ramach inwestycji na terenie Mydlnik powstały dwa przystanki kolejowe: Kraków Młynówka, przy ul. Balickiej Kraków Zakliki, przy ul. Zakliki Krajobraz Mydlnik uległ znacznej zmianie. Jednotorowa nitka została zastąpiona dwoma torami oraz zelektryfikowana, co umożliwia kursowanie nowoczesnych pociągów. Stary przejazd kolejowy przez ul. Balicką został zastąpiony wiaduktem kolejowym, obok którego znajduje się przystanek kolejowy Kraków Młynówka oraz miejsca parkingowe. Podobnie przebudowane i zabezpieczone zostały przecięcia torów z traktem Młynówka Królewska i ulicami Zygmunta Starego oraz ul. Zakliki.