Od 19 września 2004 roku prowadzącym program był Leszek Mazan (reżyseria Iwona Siekierzyńska).
27 grudnia 2004 roku, po 45 latach nieprzerwanej cyklicznej emisji, Pegaz decyzją władz TVP zniknął z anteny.
Po nieco ponad 4 latach przerwy w emisji programu, 14 marca 2009 roku, program w odświeżonej formie powrócił na antenę TVP1 jako 20-minutowa audycja nadawana w soboty. Nowym prowadzącym został Filip Łobodziński.
W listopadzie 2009 roku władze TVP postanowiły ponownie zdjąć program z anteny (ostatni odcinek wyemitowano 5 grudnia 2009 roku).
Po kilkuletniej przerwie (ponad 6 lat), 28 stycznia 2016 roku TVP ogłosiła, że „Pegaz” wróci na antenę. Powrót programu zapowiedział Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego Piotr Gliński na spotkaniu z przedstawicielami TVP i Polskiego Radia. Minister stwierdził, że zależy mu na wprowadzeniu elementów tzw. kultury wysokiej do masowych środków przekazu. Pierwszy odcinek odświeżonej wersji „Pegaza” wyemitowano w TVP1 2 marca 2016 roku o godz. 22.30. Program na antenie TVP1 był emitowany do końca czerwca 2016,