W 1990 został powołany na konsultora Kongregacji Doktryny Wiary, w latach 1978–1999 był konsultorem Kongregacji Wychowania Katolickiego. Pełnił również funkcję konsultora Papieskiej Rady Promocji Jedności Chrześcijan (1980–1996). W latach 1984–2001 wchodził w skład Papieskiej Komisji Biblijnej, od 1990 jako sekretarz. Należał do wielu towarzystw naukowych zajmujących się problematyką biblijną, opublikował 17 książek oraz szereg artykułów, m.in. w wydawnictwach encyklopedycznych.
22 lutego 2006 papież Benedykt XVI ogłosił nominację kardynalską ks. Vanhoye. Ze względu na wiek (82 lata) nie miał on prawa udziału w konklawe, papież zwolnił go również z obowiązku przyjęcia sakry biskupiej. 24 marca 2006 Vanhoye otrzymał tytuł kardynała diakona Santa Maria della Mercede e Sant’Adriano a Villa Albani.
Od 10 do 16 lutego 2008 głosił rekolekcje wielkopostne dla Benedykta XVI i kurii rzymskiej. 20 czerwca 2016 został promowany na kardynała prezbitera, zachował diakonię Santa Maria della Mercede e Sant’Adriano a Villa Albani w charakterze tytułu prezbiterskiego na zasadzie – Pro hac vice.
Po śmierci kard.