Upamiętnianie ludobójstwa na Kresach thumb|Ks. Isakowicz-Zaleski składa kwiaty pod krzyżem ku czci Polaków zamordowanych przez UPA w Korościatynie W 2008 wystąpił z apelem o potępienie przez władze polskie ludobójstwa Polaków dokonanego na przez OUN-UPA na Wołyniu (rzeź wołyńska) i w Małopolsce Wschodniej (Czystka etniczna w województwach lwowskim, tarnopolskim i stanisławowskim). Przez wiele lat zabiegał o upamiętnienie ofiar tej zbrodni.
1 lipca 2009 zorganizował protest w Lublinie przeciwko nadaniu tytułu doktora honoris causa przez KUL Wiktorowi JuszczencePrzeciwko honorowaniu Juszczenki.. Przyczynił się do protestów przeciwko przejazdowi przez Polskę „Rajdu Bandery”, w związku z czym ukraińscy nacjonaliści grozili mu śmierciąGrożą ks. Isakowiczowi-Zaleskiemu.. 5 lutego 2010 współorganizował protesty w związku z uznaniem Bandery bohaterem narodowym Ukrainy przez ustępującego wówczas prezydenta Juszczenkę oraz bierności władz polskich w tej sprawie.