Równocześnie, w latach 1568–1574 był prepozytem kapituły płockiej, a po śmierci w 1569 Jana Makowieckiego objął także godność archidiakona warszawskiego i prepozyta łomżyńskiego, które pełnił najpewniej do 1572. Był sygnatariuszem aktu unii lubelskiej 1569 rokuVolumina Legum, t. II, Petersburg 1859, s. 88..
Biskup krakowski 2 czerwca 1572 otrzymał prowizję papieską na biskupstwo krakowskie, którego ster objął 10 lipca 1572. Przez pierwsze dwa lata (do 1574) łączył ją z funkcją prepozyta kapituły płockiej. Krytykował papieską inkwizycję oraz postanowienia soboru trydenckiego. Tolerancyjny dla innowiercówMarek Borucki, Jak w dawnej Polsce królów obierano. Warszawa 1976, s.190.. Wbrew naciskom nuncjatury i całego episkopatu był jedynym polskim biskupem, który podpisał akt konfederacji warszawskiejPaweł Jasienica, Rzeczpospolita Obojga Narodów. Srebrny Wiek PIW Warszawa 1982, s. 42., akt o wolności sumienia w r. 1573, legalizujący swobodę wyznania w Polsce, dającą formalne uprawnienia protestantyzmowi. Tym aktem naraził się na falę krytyki i oburzenia, został upomniany przez kapitułę krakowską za swoje postępowanie i wezwany, aby w sprawach dotyczących wiary wykazywać większą stanowczość.