W tym samym roku terroryści z Organizacji Rewolucyjnej 17 listopada zamordowali Pawlosa Bakojanisa, gdy ten wchodził do swojego biura w centrum Aten.

Dora Bakojani z powodzeniem ubiegała się o reelekcję w każdych kolejnych wyborach do 2009 włącznie, sprawując mandat posłanki VII, VIII, IX, X, XI, XII i XIII kadencji. Do 1996 posłowała z prefektury Eurytania, a następnie była wybierana z Aten. Kiedy w 1990 jej ojciec został mianowany na premiera, pracowała od października 1990 jako podsekretarz stanu, a następnie od grudnia 1992 jako minister kultury. Gdy Nowa Demokracja przegrała wybory parlamentarne w 1993, a jej ojciec podał się do dymisji, w październiku 1993 odeszła z urzędu. Została przy tym nominowana w skład centralnego komitetu partyjnego. W 2000 nowy lider partii, Kostas Karamanlis, powołał ją na sekretarza odpowiedzialnego za politykę zagraniczną i obronną w swoim gabinecie cieni.

W 2002, kiedy lider ND dążył do pokonania rządzącego Panhelleńskiego Ruchu Socjalistycznego, w wyborach lokalnych na stanowisko burmistrza Aten wystawił Dorę Bakojani. W październiku 2002 w drugiej turze głosowania wygrała z kandydatem socjalistów.