W 1915 roku, po bankructwie firmy ojca, cała rodzina przeniosła się do Logroño.
Decyzję o kapłaństwie podjął zimą 1917, z czym związana jest następująca historia: w czasie Bożego Narodzenia w Logroño spadł śnieg. Josemaría spostrzegł na świeżym śniegu ślady bosych stóp; były to ślady karmelity bosego. Skoro inni tak bardzo poświęcają się dla Boga i bliźniego, czy ja nie byłbym w stanie czegoś poświęcić? Zdecydował się zostać kapłanem, aby w ten sposób być bardziej dyspozycyjnym na wypełnienie woli Bożej. Po skończeniu szkoły, rozpoczął studia w seminarium w Logroño, w 1920 roku przeniósł się do seminarium do Saragossy. W 1923 rozpoczął równoległe studia prawnicze na miejscowym uniwersytecie. 28 marca 1925 otrzymał święcenia kapłańskie. 31 marca został wikarym w wiosce Perdiguera. Za zgodą arcybiskupa Saragossy, w kwietniu 1927 roku przeniósł się do Madrytu, gdzie doktoryzował się w prawie cywilnym (1939). W tym czasie zajmował się także pracą duszpasterską wśród dzieci, chorych i najuboższych na przedmieściach Madrytu. Był kapelanem Patronatu Chorych św. Izabeli.