W listopadzie 1997 Sąd Najwyższy skazał na siedem lat więzienia członków prezydium krajowego partii za rozpowszechnianie filmu propagandowego ETA. Wyrok został później uchylony przez Trybunał Konstytucyjny, ale zatrzymani członkowie prezydium zostali już zastąpieni przez nowych. Do nowych władz Batasuny wszedł wówczas m.in. Otegi.
12 września 1998 Otegi złożył swój podpis pod Deklaracją z Estelli/Lizarry, która proponowała rozwiązanie konfliktu baskijskiego poprzez rozpoczęcie dialogu bez niemożliwych do zrealizowania warunków wstępnych. Kolejne zdanie deklaracji mówiło jednak o całkowitym pozbyciu się wszelkich form przemocy, który to warunek nigdy nie został spełniony.
W wyborach autonomicznych z 1998 był kandydatem Euskal Herritarrok (wspólna koalicja nacjonalistów i skrajnej lewicy) z prowincji Gipuzkoa. Porozumienie z Estelli, które sugerowało zawieszenie broni przez ETA, dały koalicji kredyt zaufania w społeczeństwie – nacjonaliści uzyskali najlepszy od 10 lat wynik (14 deputowanych) i stali się trzecią siłą polityczną w Kraju Basków i Nawarze.
W sierpniu 2000 r. został oskarżony o pochwałę terroryzmu, kiedy złożył hołd czterem członkom ETA, poległym w eksplozji samochodu-pułapki, który sami zamierzali wysadzić.