2 maja 2016 prowadzona przez niego ekipa pokonała w finale na Stadionie Narodowym w Warszawie 1:0 Lecha Poznań i sięgnęła po Puchar Polski, a niespełna dwa tygodnie później zdobyła Mistrzostwo Polski (odrabiając z nawiązką 10 punktową stratę do lidera). Były to pierwsze trofea w trenerskiej karierze Rosjanina. 31 maja 2016 roku, za porozumieniem stron, rozwiązał swój kontrakt z Legią Warszawa. 11 sierpnia 2016 został selekcjonerem reprezentacji Rosji. Reprezentacja pod jego wodzą awansowała do ćwierćfinału Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej w 2018 roku, pokonując w 1/8 finału reprezentację Hiszpanii; w ćwierćfinale natomiast przegrała w serii rzutów karnych z Chorwacją. Po występie reprezentacji na Euro 2020, 8 lipca 2021, przestał pełnić funkcję selekcjonera reprezentacji Rosji. 20 grudnia został trenerem Ferencvárosi TC. 19 lipca 2023 został natychmiastowo zwolniony z posady trenera w Ferencvárosi TC po przegranej 3:0 z Klaksvíkar Ídróttarfelag