W 1537 przystąpił do związku szmalkaldzkiego, który od 27 lutego 1537 zrzeszał protestanckich książąt przeciw katolickiemu cesarzowi Karolowi V Habsburgowi. Wraz z Barnimem IX został w późniejszym czasie oskarżony przez cesarza o zdradę, która została wybaczona dzięki wstawiennictwu króla polskiego Zygmunta Starego.
W czasie swojego panowania w księstwie wołogoskim zreorganizował zarządzanie dobrami książęcymi, dzięki czemu powiększył znacznie dochody państwa i wzmocnił obronność kraju (przebudował m.in. zamek we Wkryujściu). Dbał również o rozwój nauki. Zorganizował m.in. bibliotekę na zamku w Wołogoszczy oraz przyczynił się do utworzenia Pedagogium w Szczecinie.
Książę Filip zmarł 14 lutego 1560 w Wołogoszczy, w wieku 45 lat. Został pochowany tamże 21 lutego, w kościele parafialnym pod wezwaniem św. Piotra. Jego księstwo odziedziczyli dwaj najstarsi synowie, tj. Jan Fryderyk i Bogusław XIII. Do czasu uzyskania wieku sprawnego pozostawali pod opieką m.in. Barnima IX PobożnegoJ.W. Szymański, Książęcy ród Gryfitów, s. 200..