Otrzymał pierwszą nominację na stanowisko ministerialne po wyborach w 2003 roku, zostając ministrem w biurze premiera. Gdy Binjamin Elon został zdymisjonowany z funkcji ministra turystyki w lipcu 2004 r., zastąpił go Gidon Ezra, początkowo jako pełniący obowiązki szefa resortu (pełnoprawnym ministrem turystyki został w sierpniu 2004 r.). Od września 2004 r. był również osobą pełniącą obowiązki ministra bezpieczeństwa wewnętrznego, zaraz po tym, jak Cachi Hanegbi zrezygnował z powodu postawionych mu zarzutów korupcyjnych. Pełnoprawnym szefem resortu został w tym przypadku w listopadzie 2004 r.
W styczniu 2005 został zastąpiony na stanowisku ministra turystyki przez Arahama Hirszsona. Wraz z utworzeniem partii Kadima Ariela Szarona, przyłączył się do tego ugrupowania. Jednocześnie przejął resort środowiska od członka Partii Pracy, Szaloma Simchona. W listopadzie 2005 roku, podczas wiecu, Ezra został zaatakowany przez przeciwników planu Ariela Szarona likwidacji żydowskich osiedli w Strefie Gazy. Powodem tego było poparcie, jakiego udzielił zamysłom premiera.