Wkrótce po rozpoczęciu produkcji BTR-60P rozpoczęto prace nad wersją dowódczą tego wozu. Miała ona nosić oznaczenie BTR-60PK. Podstawową różnicą w stosunku do BTR-60P było zastosowanie zamkniętego przedziału desantowego. Dzięki temu możliwe było wyposażenie pojazdu w układ ochrony przed bronią masowego rażenia. Ponieważ ówczesna doktryna Armii Radzieckiej przewidywała użycie taktycznej broni jądrowej, nowy pojazd produkowany od 1963 roku stał się wersją podstawową pod oznaczeniem BTR-60PA.
W 1966 roku rozpoczęto produkcję finalnej wersji BTR-60PB. Była ona wyposażona w obrotową wieżę z karabinami maszynowymi KPWT i PKT. Ponieważ montaż wieżyczki utrudnił wsiadanie przez górny właz, pojazd wyposażono w dwa niewielkie włazy boczne.
Produkcję BTR-60 zakończono w połowie lat 70. po rozpoczęciu produkcji transportera BTR-70.
Odpowiednikiem BTR-60 używanym przez Wojsko Polskie był transporter OT-64 SKOT. Na uzbrojeniu Wojska Polskiego znajdowały się jedynie pojazdy w wersji BTR-60PU-12 (50 sztuk dostarczono z ZSRR w latach 1976–1980 jako punkty dowodzenia zestawami rakietowymi 9K31 Strzała-1, a następne 15 w latach 1986–1988 z zestawami 9K35 Strzała-10).