W październiku 2007 r. Witkowski przyjął posadę głównego specjalisty (analityka) w gabinecie szefa Służby Kontrwywiadu Wojskowego. Po przegranej przez PiS wyborów parlamentarnych i zmianie kierownictwa SKW został zwolniony. Od jesieni 2007 roku był członkiem Komisji Weryfikacyjnej ds. Wojskowych Służb Informacyjnych (do końca jej działalności). W 2016 roku na stronie internetowej MON redagował dwujęzyczną zakładkę poświęconą warszawskiemu Szczytowi NATO. Opublikował kilka artykułów na temat wywiadu PRL (cywilnego i wojskowego) i rosyjskiej sieci szpiegowskiej w Stanach Zjednoczonych.
W 2009 został członkiem założycielem Związku Literatów na Mazowszu, jest członkiem Sądu Koleżeńskiego tego stowarzyszenia. Otrzymał prestiżową nagrodę Złote Pióro za trzy książki wydane w 2021 r. w Oficynie ZLM: Ukryte i jawne. Szkice o tajnych służbach, Wirydarz polityczny (1999–2020) oraz Zapiski z czasów zamętu 1987–2021. Jest jednym z bohaterów książek Teresy Kaczorowskiej Dwunastu na trzynastego. Emigranci stanu wojennego, Ciechanów 2011 i Jerzego Zalewskiego Pod prąd. Przewodnik po IV Rzeczypospolitej, tom I, Warszawa 2013.