W 1995 roku powrócił do Niemiec, gdzie został graczem Borussii Dortmund z Bundesligi. W 1996 roku zdobył z nią mistrzostwo Niemiec, a w 1997 roku Ligę Mistrzów i Puchar Interkontynentalny. W 1997 roku został także wybrany Niemieckim Piłkarzem Roku. W 2002 roku ponownie został z zespołem mistrzem Niemiec. W tym samym roku zakończył karierę.
Kariera reprezentacyjna W latach 1983–1984 Kohler rozegrał 8 spotkań i zdobył 1 bramkę w reprezentacji RFN U-18, a w latach 1985–1987 rozegrał 11 spotkań w reprezentacji RFN U-21. W seniorskiej kadrze RFN zadebiutował 24 września 1986 roku w wygranym 2:0 towarzyskim meczu z Danią.
W 1988 roku znalazł się w kadrze na Mistrzostwa Europy. Zagrał na nich w pojedynkach z Włochami (1:1), Danią (2:0), Hiszpanią (2:0) oraz z Holandią (1:2). Natomiast reprezentacja RFN zakończyła turniej na półfinale.
W 1990 roku Kohler został powołany do kadry na Mistrzostwa Świata. Wystąpił na nich w spotkaniach z Holandią (2:1), Czechosłowacją (1:0), Anglią (1:1, 5:4 po rzutach karnych) i Argentyną (1:0). Drużyna RFN została triumfatorem tamtego turnieju.
W 1992 roku ponownie wziął udział w Mistrzostwach Europy. Zagrał na nich w pojedynkach ze Wspólnotą Niepodległych Państw (1:1), Szkocją (2:0), Holandią (1:3), Szwecją (3:2) oraz z Danią (0:2), a Niemcy zakończyli turniej na 2.