Studia i pierwsze lata pracy zawodowej Studiował na Uniwersytecie Berlińskim, gdzie jego nauczycielem był Johannes Peter Müller. Pracę dyplomową obronił 21 października 1843. W czasie badań formułował nowy „komórkowy model choroby” (por. cytopatologia i histopatologia) – dokonał prób scharakteryzowania reumatyzmu w powiązaniu z badaniami zmian w rogówce (przyjął założenia niepoprawne w kontekście dzisiejszej wiedzy). W roku 1844 został asystentem i uczniem Roberta Froriepa, i konserwatora w muzeum patologicznym szpitala Charité, a w roku 1846 jego następcą. thumb|Pathological institutionw Würzburguthumb|Założyciele „Societas physico-medic“ (Rudolf Virchow stoi pierwszy od lewej) W roku 1847 uzyskał habilitację na Uniwersytecie Berlińskim i – wspólnie z przyjacielem i współpracownikiem w Charité, – założył czasopismo Archiv für pathologische Anatomie und Physiologie und für klinische Medicin. Celem tej inicjatywy było tworzenie porozumienia między przedstawicielami różnych specjalizacji lekarskich, np. medycyny klinicznej, anatomii patologicznej, fizjologii, epidemiologii itp. Podobne cele realizowali twórcy Physikalisch-Medizinische Gesellschaft, utworzonego w grudniu 1849 roku w Würzburgu.