Występują też formy krasowe – liczne leje krasowe, o głębokości 1–2 m, jaskinie i schroniska. Największa z jaskiń to Jaskinia Twardowskiego. W 2019 roku grotołazi zbadali i udrożnili jej korytarze, o łącznej długości 500 m. Pozostałe jaskinie i schroniska to: Jaskinia Jasna, Jaskinia Koguta, Jaskinia Musza, Jaskinia Niska, Jaskinia pod Nyżą, Jaskinia przed Problemówką, Jaskinia Pychowicka, Jaskinia w Anastomozach, Jaskinia z Kulkami, Kawerna Magazyn, Okienko Zbójnickie, Rurka, Schronisko nad Sadystówką, Schronisko obok Anastomozów, Tunel w Pychowicach, Wywiew.
Aktualny stan zagospodarowania Zakrzówka Formami stworzonymi w wyniku działalności ludzkiej na Skałkach Twardowskiego są: nieczynne kamieniołomy: Łom Bergera, Skałki Twardowskiego, Kapelanka i Zakrzówek. Dawniej eksploatowano w nich wapienie dla potrzeb budownictwa, później do budowy dróg i do wapienników, wreszcie dla zakładów produkujących sodę. Zalew Zakrzówek – powstał w wyniku wypełnienia wodą deszczową wyrobiska po funkcjonującym tu wcześniej kamieniołomie. Ma dużą głębokość i przejrzystą wodę, dzięki czemu doskonale nadaje się do nurkowania, wały przeciwpowodziowe, usypane w XIX wieku, ciągną się – bez przerw – wzdłuż brzegów rzeki, pozostałości wybudowanej przez Austriaków Twierdzy Kraków, m.in.