Po agresji III Rzeszy na Polskę 1 września 1939 roku budynek dworca został zbombardowany przez Luftwaffe, w wyniku czego zniszczona została praktycznie cała szklana konstrukcja hali peronowej. Mimo to dworzec pozostał ważnym punktem polskiej obrony miasta. W 1940, pod okupacją sowiecką, zbudowano dworzec tymczasowy. Obiekty dworca ucierpiały ponownie w czerwcu 1941 roku, po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej. Pod okupacją niemiecką ruszyła odbudowa głównego budynku, którą zakończono w 1957 roku, pomimo tego, że istniały plany jego zburzenia i zastąpienia go nowym, zgodnym z duchem epoki. W efekcie zewnętrzny wygląd dworca przywrócono do stanu bliskiemu oryginałowi, a wnętrza wypełniono stalinowskim socrealizmem.
Architektura W skład zespołu dworcowego wchodzą: gmach główny dworca, hale remontowe lokomotyw, dom kolejarza (oficjalnie: Pałac Nauki i Techniki Kolejarzy, obecnie siedziba muzeum kolejnictwa otwarte w 2001 r.), hale dworca podmiejskiego (wybudowane na początku lat 1990.) i kamienice wybudowane dla pracowników kolei. mały|Rzeźby nad portalem wejściowym Budynek dworcowy jest bryłą dwukondygnacyjną o mocno wydłużonym korpusie, z wyższą środkową halą oraz dwoma pawilonami bocznymi (ryzalitami) – pierwotnie tylko ryzality były dwukondygnacyjne, a reszta budowli jednokondygnacyjna, ale w czasach radzieckich dokonano