2 sierpnia 2006 Dinamo Zagrzeb 5-2 Ekranas Poniewież Spartak Moskwa 0-0 Sheriff Tyraspol Sioni Bolnisi 0-2 Lewski Sofia Rabotnicki Skopje 4-1 Debreceni VSC Steaua Bukareszt 3-0 NK Gorica KP Legia Warszawa 2-0 Hafnarfjarðar FK Crvena zvezda 3-0 Cork City Dynamo Kijów 4-0 Liepājas Metalurgs Široki Brijeg 0-0 Heart of Midlothian MyPa 47 Anjalankoski 2-2 FC København Vålerenga Fotball 2-2 FK Mladá Boleslav SV Salzburg 2-0 FC Zürich MFK Ružomberok 3-1 Djurgårdens IF
III runda kwalifikacyjna Losowanie par III rundy kwalifikacyjnej odbyło się 28 lipca 2006 w Nyonie.
Pierwsze mecze 8 sierpnia 2006 Austria Wiedeń 0 – 3 SL Benfica Dinamo Zagrzeb 0 – 3 Arsenal F.C.
9 sierpnia 2006 Slovan Liberec 0 – 0 Spartak Moskwa Liverpool F.C. 2 – 1 Maccabi Hajfa Red Bull Salzburg 1 – 0 Valencia CF Lewski Sofia 2 – 0 Chievo Werona Heart of Midlothian 1 – 2 AEK Ateny CSKA Moskwa 1 – 1 MFK Ružomberok A.C. Milan 1 – 0 FK Crvena zvezda Galatasaray SK 5 – 2 FK Mladá Boleslav Standard Liège 2 – 2 Steaua Bukareszt FC København 1 – 2 AFC Ajax Hamburger SV 0 – 0 CA Osasuna Dynamo Kijów 3 – 1 Fenerbahçe SK Szachtar Donieck 1 – 0 KP Legia Warszawa Lille OSC 3 – 0 Rabotnicki Skopje