Finansowanie pociągów TER odbywa się ze środków publicznych. Średnio 72% kosztów uruchomienia pociągów jest pokrywane przez rząd Francji oraz władze regionalne, wpływy z biletów pokrywają pozostałe 28% kosztów. Udział środków publicznych wykazuje tendencję wzrostową, związaną z wprowadzaniem nowych połączeń i taryf na wniosek władz regionalnych.
Niewielka rentowność transportu kolejowego jest związana przede wszystkim z nieefektywnym wykorzystaniem taboru poza godzinami szczytu oraz z niewielkimi odległościami podróży. Wypełnienie pociągów jest również dalekie od optymalnego, rzędu 66 pasażerów na pociąg.
Przekazywanie kompetencji Przekazanie kompetencji do organizowania transportu kolejowego nastąpiło w roku 1997 w przypadku sześciu regionów Francji: Alzacja Region Centralny Nord-Pas-de-Calais Kraj Loary Prowansja-Alpy-Lazurowe Wybrzeże Rodan-Alpy oraz w roku 1998 dla regionu Limousin. Ruch pasażerski na liniach lokalnych w tych regionach wzrósł w roku 1998 o 4,9%, podczas gdy wzrost w pozostałych regionach wyniósł 3,2%.