Kariera klubowa Kluby brazylijskie Cléber swój pierwszy profesjonalny kontrakt podpisał z klubem Portuguesa w 1993 roku. W brazylijskiej Série A zadebiutował 4 września 1993 roku, w spotkaniu z Criciúmą. Po roku przeszedł do klubu Internacional-SP, później jego karta zawodnicza została wykupiona przez sponsora, linie lotnicze TAM, które umieściły go w klubie XV de Piracicaba. W grudniu 1995 roku zwyciężył z tym klubem w rozgrywkach brazylijskiej Série C. Następnie został wypożyczony na rok do Cruzeiro EC. W 1997 roku zwyciężył z tym klubem w rozgrywkach Copa Libertadores. Na czas rozgrywek krajowych wrócił do występującego wówczas w Série B klubu XV de Piracicaba. 1998 rok spędził w klubie Guarani FC, gdzie występował w rozgrywkach stanowych Série A1 Campeonato Paulista, oraz krajowych Série A. W 1999 roku występował w rozgrywkach stowych Série A1 Campeonato Paulista w barwach klubu União Barbarense. Cléber zagrał tam w 12 spotkaniach najwyższej ligi stanu São Paulo. Natomiast na czas trwania rozgrywek krajowych trafił do klubu Gama, występującego wówczas w Série A.