Wisła Kraków 11 czerwca 2006 roku Cléber trafił do Wisły Kraków. Z krakowskim klubem podpisał dwuletni kontrakt. W polskiej Ekstraklasie zadebiutował 29 lipca 2006 roku w meczu z Górnikiem Zabrze. W 22 minucie tego spotkania zdobył swoją debiutancką bramkę w barwach Wisły Kraków, w meczu ligowym. Został wybrany najlepszym obcokrajowcem grającym na boiskach ekstraklasy w 2006 roku, w głosowaniu, w którym wzięli udział wyłącznie trenerzy klubów Ekstraklasy. Redakcja tygodnika Piłka nożna w organizowanym przez siebie corocznym plebiscycie uhonorowała zawodnika wybierając go do „jedenastki obcokrajowców Orange Ekstraklasy” za rok 2006. Cléber zdobył również piłkarskiego Oscara za rok 2006 w kategorii: „Najlepszy obcokrajowiec Orange Ekstraklasy”, w plebiscycie Canal Plus. 9 listopada 2007 roku zawodnik przedłużył swój kontrakt z Wisły Kraków do czerwca 2010 roku. W sezonie 2007/2008 był pewnym punktem „Białej Gwiazdy” i wywalczył z nią Mistrzostwo Polski. 6 sierpnia 2008 roku zdobył swoją pierwszą bramkę dla Wisły w europejskich pucharach, trafiając do siatki w rewanżowym spotkaniu II rundy eliminacyjnej Ligi Mistrzów z Beitarem.