W wyniku I rozbioru Polski i sekularyzacji Warmii w 1772 roku Olsztyn znalazł się w zaborze pruskim. W 1807 roku miasto było zajęte przez armię Napoleona. Od 1818 roku jest siedzibą powiatu. W drugiej połowie XIX wieku nastąpił znaczny rozwój Olsztyna. Miasto pozostawało ważnym ośrodkiem polskości w Prusach Wschodnich.
W latach 1871–1945 Olsztyn należał do Niemiec. W 1905 został siedzibą rejencji. Przynależność Olsztyna do odrodzonej Polski była jednym z tematów konferencji wersalskiej, jednak plebiscyt w 1920 roku zdecydował o jego pozostaniu w Prusach Wschodnich.
W wyniku II wojny światowej w 1945 roku Olsztyn po 173 latach wrócił do Polski. Od 1946 roku jest miastem wojewódzkim.
Prehistoria thumb|Zasięg kultury grupy olsztyńskiej (VI – VII w.) oraz kultury wcześniejsze: wielbarska i bogaczewska thumb|Zapinki płytowe w stylu gockim z wykopalisk kultury olsztyńskiej (VI – VII w.) thumb|Wykopaliska w osadzie wczesnośredniowiecznej w Lesie Miejskim (VIII – XI w.) Najstarsze ślady obecności człowieka na terenie obecnego Olsztyna prawdopodobnie pochodzą ze środkowej epoki kamiennej, gdy docierała tam ludność łowieckaWskazuje na to berło lub buława z poroża jelenia odkryte w 1938 r. na osiedlu Podgrodzie, zob. zabytek w Wirtualnym Muzeum Warmii i Mazur..