Na zjeździe w Jędrzejowie w 1576 roku potwierdził wybór Stefana Batorego na króla PolskiConstitvcie Statvta Y Przywileie, Na Walnych Seymiech Koronnych Od Roku Pańskiego 1550. aż do Roku 1625. vchwalone, Kraków 1625, s. 246..
Pochowany w kościele Podwyższenia Krzyża Świętego w Lisewie obok swego ojca, Stanisława, wojewody chełmińskiego. Lisewo znajdowało się w starostwie lipieńskim (wówczas znanym także jako lipnowskie), trzymanym przez Kostków od 1530. Stanisław i Jan Kostkowie, kolejni starostowie lipieńscy, odbudowali jako swoją rezydencję dawny krzyżacki zamek w Lipienku i byli fundatorami szesnastobocznej, gotycko-renesansowej wieży lisewskiego kościoła. W 1591 rodzina Kostków ufundowała tam także zachowane do dziś renesansowe epitafium dla Jana.
Życie prywatne mały|left|Epitafium Kostków z 1591 w kościele w Lisewie Od 1555 był mężem Jadwigi Przerębskiej, z którą miał czworo dzieci: Stanisław Kostka, Jan I Kostka, starosta świecki i lipieński, Elżbieta Kostka Żalińska, Zofia Kostka. Od 1575 był mężem Zofii Odrowąż, z którą miał czworo dzieci: Jan II Kostka, starosta lipieński, Anna Kostka Ostrogska, Katarzyna Sieniawska, Magdalena Kostka.
Drzewo