miejsce i 243 punkty – 9 razy na podium w tym trzy zwycięstwa
2003 Trzeci sezon w tej samej ekipie pod wodzą Alberto Puiga, wywalczone mistrzostwo świata na dwa wyścigi przed końcem sezonu, pięć zwycięstw i jedno drugie miejsce, łączna liczba punktów 223. W GP Australii doznał groźnego upadku i złamał dwie kości piszczelowe, co wyeliminowało go na dwie ostatnie rundy, jednak tytuł mistrzowski wywalczył już wcześniej.
2004 Przejście do klasy 250 cm³ wraz z nim ekipa Telefonica Movistar z Alberto Puigem. Debiut na motocyklu Honda zwieńczony od razu mistrzostwem świata. Dodatkowo Daniel Pedrosa w wieku 19 lat został najmłodszym mistrzem świata w klasie 250 cm³ w całej historii startów. 317 punktów to efekt stawania 13 razy na podium w tym 7 razy zwyciężał. Otrzymał również nagrodę Rookie of the year, przyznawaną rokrocznie w każdej klasie pod koniec sezonu dla najlepiej spisujących się debiutantów we wszystkich klasach.
2005 Pozostał w klasie 250 cm³ by po raz drugi z rzędu zdobyć mistrzostwo świata dla ekipy Telefonica Movistar Honda. Końcowy rezultat to 309 punktów, 11 razy na podium w tym 8 razy zwycięstwo.