Po upadku na torze w Turcji, spekulacje na temat jego wysokiej formy zelżały i na podium powrócił dopiero we Włoszech (drugie miejsce) i Katalonii (trzeci), by wreszcie wygrać swój pierwszy w sezonie wyścig o GP Niemiec. Nie najlepsza passa trwała nadal i poza pojedynczymi podiami, Pedrosa doznał szereg upadków i kontuzji. Zrezygnowany, lecz ciągle broniący się przed spadkiem w klasyfikacji, Pedrosa nie miał szans rywalizować ze Stonerem (który wywalczył mistrzostwo świata). Do Pedrosy uśmiechnęło się jednak szczęście kiedy Rossi, z którym zawsze próbował nawiązać walkę, nie dojeżdżał do mety poprzez liczne awarie swojej Yamahy. Chwila prawdy nastąpiła dopiero w ostatnim wyścigu sezonu o Grand Prix Walencji. Rossiemu wystarczał jeden punkt, czyli 15-te miejsce w wyścigu, nawet przy wygranej Pedrosy, by zdobyć tytuł wicemistrzowski. Wtedy właśnie rozegrał się na torze najgorszy scenariusz dla Rossiego, a najlepszy dla Pedrosy, gdyż Rossi miał potężny upadek uniemożliwiający mu dalszą jazdę roztrzaskaną maszyną, w momencie kiedy Pedrosa bezapelacyjnie wygrał, spychając tym samym Rossiego z pozycji drugiej, na trzecią i zapewniając sobie tytuł wicemistrza świata.