Kolejnym źródłem jest zapis pod rokiem 999 w powstałej wiek później Kronice Czechów Kosmasa z PragiKosmasa, Kronika Czechów, tłum. Maria Wojciechowska, Wrocław 2006, s. 155.. Zdaje się on potwierdzać okupacyjny charakter władzy czeskiej na tym terenie z garnizonem wojskowym w mieście:
„Albowiem polski książę Mieszko, nad którego nie było podstępniejszego człowieka, wnet zabrał podstępem miasto Kraków, zabiwszy mieczem wszystkich Czechów, których tam znalazł.”
Zapis ten budzi wątpliwości wśród historyków, jako że w 999 roku Mieszko nie żył już od 7 lat. Przyjmuje się zatem, że chodzi o Bolesława Chrobrego, lub też że jest to jeden z błędów Kosmasa w chronologii tego okresu. Wg niektórych historyków Kraków w ogóle nie wchodził w skład państwa czeskiego i relacje na ten temat oparte są na sfałszowanym dokumencie powstałym ponad sto lat później. Jakkolwiek było, po tym zdarzeniuKontrowersje wokół daty i imienia władcy polskiego podaje . nastąpiła stabilizacja władzy politycznej w Krakowie, który przeszedł na długie lata pod panowanie polskie i w 1000 roku została założona diecezja krakowska przez papieża Sylwestra II, a pierwszym biskupem został Poppon. Za czasów panowania Bolesława Chrobrego rozpoczęła się budowa katedry wawelskiej.