Historia Pierwsi mieszkańcy Anjouan (przedstawiciele ludów austronezyjskich) prawdopodobnie przybyli z Indonezji około VIII wieku. Od początku XVI wieku niezależny sułtanat założony przez Arabów z Hadramautu, od 1886 r. pod protektoratem Francji. W 1912 r. anektowana przez Francję. Od 1976 r. część Komorów. W 1997 r. Anjouan ogłosiło odłączenie się od Komorów i utworzenie niezależnego państwa. Niepodległość Anjouan nie została uznana na arenie międzynarodowej. Na mocy porozumienia zawartego w marcu 2002, Anjouan powróciło w skład Komorów, zachowując jednak szeroką autonomię (własny prezydent, parlament i ministerstwa, własna polityka wewnętrzna).
W kwietniu 2007 roku ponownie doszło do secesji Anjouan.
W marcu 2008 rząd federalny przy pomocy oddziałów Unii Afrykańskiej stłumił bunt. W następstwie pacyfikacji, rząd w Moroni obniżył poziom autonomii wyspy, między innymi usuwając stanowisko prezydenta.
Przywódcy Anjouan
Prezydenci (1997–2009) Foundi Abdallah Ibrahim (1997–1999) Said Abeid (1999–2001) Mohamed Bacar (2001–2007) Kaambi Houmadi (2007) (tymczasowo) Dhoihirou Halidi (2007) (podczas secesji) Mohamed Bacar (2007–2008) (podczas secesji) Ikililou Dhoinine (2008) (tymczasowo) Lailizamane Abdou Cheik (2008) (tymczasowo) Moussa Toybou (2008–2009)