Powstał zapewne wraz z lokowaniem miasta w 1305, choć źródłowo jego istnienie można stwierdzić w 1324, kiedy jako świadek występuje pierwszy pleban Andrzej (Andreas).
Wraz z usytuowaniem kościoła powstała najpewniej parafia obejmująca miasto i sąsiednie wsie. Według dokumentu z 1333 parafia obejmowała poza miastem: Nową Wieś, Dziarny i Wikielec. Wszyscy posiadacze łanów musieli dawać plebanowi co roku na świętego Marcina pół korca żyta i tyleż owsa, przy tym dokument ten potwierdzał stan przynajmniej z 1329.
Parafia była pod patronatem krzyżackim i dlatego Zakon zastrzegł sobie prawo obsadzenia jej własnymi księżmi, stąd plebani iławscy byli z reguły duchownymi Zakonu, np. w 1461 komtur elbląski Henryk Reuss von Plauen polecił wielkiemu mistrzowi na tutejszą parafię Mikołaja z Malborka (Niclas von Marienburg). Przy parafii funkcjonowała zapewne szkoła, brak o niej bezpośrednich przekazów, ale w XV wieku wzmiankowany jest uczeń z Iławy, któremu wielki mistrz darował raz pół, drugim razem l wiardunek.