Debata na temat różnic w przewidywanych zmianach w troposferze - modele klimatu dawały wyniki większe w troposferze niż na powierzchni Ziemi - wydaje się być obecnie (2006) zakończona z konkluzją, że modele przewidują te zmiany prawidłowo.
Rola chmur w zmianach klimatu jest niezwykle ważna a ich reprezentacja w modelach klimatu jest mało precyzyjna. Chmury mogą oziębiać powierzchnię Ziemi poprzez odbijanie promieniowania słonecznego do przestrzeni kosmicznej. Ale chmury mogą też odbijać promieniowanie emitowane przez Ziemię - zwiększają wtedy efekt cieplarniany. Przykładem może być promieniowanie podczerwone z zakresu 8-15 mikrometrów, które jest przepuszczane przez atmosferę, ale nie przez chmury. Tak więc pokrywa chmur jest jednym z najistotniejszych źródeł w globalnych modelach klimatu.
Istnieje hipoteza, że promienie kosmiczne zmieniają pokrywę chmur poprzez tworzenie się jąder kondensacji, na których tworzą się krople chmurowe i mogą wzmocnić słaby sygnał pochodzący od aktywności Słońca. Jest to przykład zjawiska fizycznego, którego parametryzacja nie jest obecnie uwzględniona w modelach zmian klimatu.