Msza w Krzyżowej rozpoczęła się o 10.30. Dla wszystkich obecnych związana była z wielkimi oczekiwaniami i znaczną niepewnością, ponieważ miała być zarówno uroczystością religijną, jak i aktem politycznym. Polskie media określały ją najpierw jako polsko-niemiecką mszę polową. Program uroczystości mówił natomiast o »Mszy Pojednania« – »Messe um Aussöhnung«, w ten sposób utrwalił powszechnie później używane określenie. Dla Kohla i Mazowieckiego wspólna msza była czymś więcej niż tylko symbolicznym punktem kulminacyjnym wizyty państwowej.
Szczególnym momentem Mszy Pojednania był znak pokoju, który przekazali sobie Tadeusz Mazowiecki i Helmut Kohl. Miał on wielorakie znaczenie symboliczne. Po pierwsze, był religijnym gestem dwóch chrześcijan, należącym do liturgii mszy świętej. Zarazem jednak był to gest polskiego premiera i niemieckiego kanclerza, dwóch szefów rządów, znak wzajemnego zrozumienia w obliczu wspólnej, pełnej konfliktów historii. Dawał też możliwość wielu innych interpretacji. Przez ówczesnych obserwatorów został bardzo różnie odczytany i bynajmniej nie spotkał się wówczas z jednomyślną aprobatą. Dopiero z czasem nabrał znaczenia politycznego.