W 2006 roku zespół wygrał w I rundzie kwalifikacyjnej do Pucharu UEFA z węgierskim Ujpestem w Budapeszcie 4–0 i pomimo przegranego 0–1 rewanżu zespół zapewnił sobie awans do następnej rundy. Spotkał się w niej ze szwajcarskim FC Basel, z którym przegrał na wyjeździe 0–1, a u siebie wygrał 2–1.

W sezonie 2019/2020 klub awansował do szwajcarskiej ekstraklasy po wyeliminowaniu w barażach FC Thun.

W sezonie 2019/2020 FC Vaduz rozpoczął swoją europejską kampanię w Lidze Europy UEFA pokonując w pierwszej rundzie kwalifikacyjnej Breiðablik z Islandii. W drugiej rundzie Vaduz pokonało węgierski zespół MOL Fehérvár. W trzeciej rundzie kwalifikacyjnej odpadli z Eintrachtem Frankfurt.

25 sierpnia 2022 roku, po zwycięstwie na wyjeździe z Rapidem Wiedeń, Vaduz zapewnił sobie kwalifikacje do fazy grupowej Ligi Konferencji Europy UEFA, stając się pierwszym w historii zespołem z Liechtensteinu, który awansował do fazy grupowej europejskich rozgrywek klubowych. Trafili do grupy wraz z holenderską drużyną AZ Alkmaar, mistrzem Cypru Apollonem Limassolem i ukraińskim Dnipro-1.

Sukcesy

* Mistrzostwa Liechtensteinu były rozgrywane tylko w latach trzydziestych XX wieku.