Ideą Muzeum Armii Krajowej jest przedstawienie całościowego obrazu polskiego podziemia wraz z jego duchową genezą obejmującą Polskę sprzed 1945 r. (m.in. organizacje paramilitarne końca XIX w., Legiony Polskie w I wojnie światowej, etos Wojska Polskiego w II Rzeczypospolitej, wojskowość) oraz kształtem jego dziedzictwa patriotycznego we współczesnej Polsce (w tym losy członków Polskiego Państwa Podziemnego po II wojnie światowej, działalność organizacji kombatanckich i niepodległościowych, także w ruchach końca lat 70. i początku lat 80. XX w.).
Historia Muzeum Na przełomie lat 80. i 90. w Krakowie członkowie Związku Żołnierzy Armii Krajowej rozpoczęli działania mające na celu utworzenie Muzeum Historii Armii Krajowej. Zaapelowali do swoich kolegów z Podziemia o gromadzenie dokumentów i pamiątek z lat wojny, które dałyby początek ekspozycji i muzeum. Kombatanci otrzymali możliwość zorganizowania wystawy w budynku Muzeum Lenina przy ul. Topolowej 5 (dawny Pałac Mańkowskich). Już w kwietniu 1990 r. otwarto tutaj ekspozycję „Nasza droga do Niepodległości”.