Rokrocznie Collegium Invisibile przyjmuje kilkunastu najlepszych kandydatów wyłonionych podczas dwuetapowej procedury rekrutacyjnej. Warunkiem członkostwa w Collegium jest ukończenie I roku studiów na dowolnej uczelni akademickiej, przedstawienie pracy pisemnej o charakterze naukowym, wypełnienie aplikacji oraz pomyślne przejście rozmowy kwalifikacyjnej.
Studia Studia w Collegium polegają na regularnej współpracy studenta z wybranym przez niego tutorem. Może nim być pracownik naukowy uczelni zarówno polskiej, jak i zagranicznej. Kształt współpracy zależy wyłącznie od decyzji obu zainteresowanych stron. Taka forma współpracy „mistrza” i „ucznia” umożliwia studentowi zdobywanie wiedzy i umiejętności w dziedzinach dotychczas przez niego nieznanych, prowadzi do podjęcia wspólnych badań naukowych. Owocem tutorialu jest coroczna praca zaliczeniowa, przedstawiana Radzie Naukowej i Zarządowi Stowarzyszenia, która ma formę eseju, zbioru esejów, opracowania naukowego czy sprawozdania z badań.