W pełni wartościowym klubem, jak mówiono o BKS-ie „Reprezentacyjnym Klubem Bydgoszczy”, Polonia stała się za czasów prezesostwa znanego w grodzie nad Brdą bankowca Stanisława Wody, zamordowanego przez nazistów w czasie okupacji. Logiem klubu była litera P w czerwonym okręgu na białym tle. Oficjalne mecze w latach 30. XX wieku i latach 40. XX wieku „Biało-Czerwoni” rozgrywali na Stadionie Miejskim, zbudowanym w 1928 roku przy aktywnym współudziale sportowców Polonii (dziś Stadion Miejski jest siedzibą współczesnego BKS-u). Wcześniej poloniści grywali na różnych boiskach (polach) na terenie Śródmieścia (ogród Patzera) dzisiejszego Osiedla Leśnego (boisko Szkoły Oficerskiej) czy też Osiedla Błonie (Pole Ułańskie).
Po wojnie drużyna piłkarzy szybko zorganizowała się ponownie, już jesienią 1945 roku zostając piłkarskim mistrzem Bydgoszczy, a w 1946 r. wicemistrzem Pomorza (za Pomorzaninem Toruń). W 1947 r. „Biało-Czerwoni” zdobyli mistrzostwo Pomorza i podobnie jak przed wojną toczyli baraże o ekstraklasę (z Lechią Gdańsk, MKS-em Szczecin i HCP Poznań) – tym razem również bezskutecznie.