W 1988 ok. 70% powierzchni archipelagu ogłoszono morskim parkiem narodowym, celem ochrony zarówno lądowego, jak i morskiego środowiska przyrodniczego. 5 października 1988 zlikwidowano Terytorium Federalne, przyłączając je do stanu Pernambuco, z wyjątkiem atolu Rocas, który przyłączono do stanu Rio Grande do Norte.
Obecnie gospodarka Fernando de Noronha jest uzależniona od turystyki, poddawanej jednak ograniczeniom, celem zachowania delikatnej równowagi ekosystemu. Wyspy te są także przedmiotem sporego zainteresowania naukowców różnych dziedzin, z uwagi na ich opisane wyżej wyjątkowe cechy i walory. Przyciągają badaczy fauny, flory, geologów i specjalistów innych nauk.
W 2001 r. UNESCO wpisało Fernando de Noronha, wraz z wyspami Rocas, na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO.
Nurkowanie Fernando de Noronha pozwala na nurkowanie. Nurkowie mają tu ciepłą wodę i bujną podwodną faunę i florę na głębokości od 25 do 45 m. Brazylijski okręt (korweta NAeL Ipiranga) zatonął tu w 1987 r.