6 grudnia 1918 pierwszy oddział objął służbę na dworcu kolejowym w Lublinie. Równolegle do formującej się Straży Gospodarczo–Wojskowej Ministerstwo Skarbu rozpoczęło organizację Korpusu Straży Skarbowej przeznaczonego do „strzeżenia granic państwa i współdziałania przy poborze podatków z innymi organami skarbowymi”.
Stanowisko Ministerstwa Skarbu wobec organizowanej przez Ministerstwo Aprowizacji Straży Gospodarczo–Wojskowej było zdecydowanie negatywne. Lansowano teorię, że organizacja Straży Gospodarczo–Wojskowej jest bezcelowa, a jej funkcje w całości przejmie organizowana Straż Skarbowa. Uważano, że „wprzęgnięcie Straży Skarbowej do służby aprowizacyjnej odbyłoby się z korzyścią zarówno dla służby podatków i monopoli, jak i dla agend aprowizacyjnych, oszczędziłoby państwu podwójnych wydatków, nie narażałoby administracji na niebezpieczeństwo tarć, nieuniknione przy istnieniu dwóch organizacji strażniczych o zbliżonych do siebie kompetencjach i uchyliłoby potrzebę nowych prac organizacyjnych”. Sytuacja gospodarczo–polityczna w jakiej znalazła się Polska, zmusiła rząd Jędrzeja Moraczewskiego do podjęcia prac nad stworzeniem nowej koncepcji ochrony granic.