Od 1506 jako prawnik prowadził ożywioną działalność polityczną, pracując m.in. we wspólnych komisjach warmińsko-krzyżackich. Około 1510 podjął bliższą współpracę z zakonem, dostarczał kanclerzowi wielkiego mistrza dokumenty świadczące o prawach Krzyżaków do Prus Królewskich.
5 kwietnia 1512 został wybrany przez kapitułę nowym biskupem warmińskim po śmierci Łukasza Watzenrodego; podobnie, jak było w przypadku wyboru Watzenrodego w 1489, król Polski (Zygmunt I Stary) został postawiony przed faktem dokonanym - kanonicy warmińscy, zobowiązani do wyboru "osoby miłej królowi", argumentowali, że w ich przekonaniu Fabian ten warunek spełniał. Król zaakceptował ostatecznie ten wybór (6 lipca 1512), we wrześniu nastąpiło także zatwierdzenie przez papieża. 5 grudnia 1512 Fabian Luzjański przyjął w Piotrkowie sakrę biskupią z rąk arcybiskupa Jana Łaskiego, w obecności króla.
7 grudnia t.r. zawarty został tzw. układ piotrkowski, regulujący ostatecznie zasady wyboru biskupów warmińskich;