Podczas II wojny światowej zostało zburzone.
Za Królestwa Polskiego istniała wiejska gmina Łoździeje.
W okresie międzywojennym Łoździeje były centrum oświatowym regionu Dzukia. W latach 1928–1931 w mieście pracowała jako nauczycielka poetka litewska Salomėja Nėris.
Podczas okupacji hitlerowskiej, 15 września 1941 roku Litwini utworzyli getto dla żydowskich mieszkańców. Przebywało w nim około 1600 osób. 3 listopada 1941 roku Niemcy zlikwidowali getto, a Żydów zamordowano w okolicy getta. Z rozkazu Niemców Litwini zamordowali 1535 Żydów.
Zabytki . Obecny kościół został zbudowany w latach 1894–1895 według projektu architekta Feliksa Lipskiego. Kościół został konsekrowany w 1898 roku przez biskupa sejeneńskiego Antoniego Baranowskiego. Kościół zbudowano w stylu romantycznym, łączącym w sobie cechy klasycystyczne i barokowe. We wnętrzu kościoła znajduje się zdobiona ambona. Ołtarze pochodzą z pracowni warszawskich. Pomnik poświęcony poległym za niepodległość Litwy w latach 1918–1920, przy placu Nepriklausomybės (Niepodległości).