Po rozpadzie Jugosławii trasa Magistrali została podzielona przez granice czterech państw: Słowenii – droga 741, droga ekspresowa H5, droga ekspresowa H6 i droga 111 Chorwacji – droga krajowa D21, droga krajowa D66 i niemal cały odcinek drogi krajowej D8 Bośni i Hercegowiny – cały odcinek 9,3-kilometrowej drogi głównej M2 Czarnogóry – początkowy odcinek drogi głównej M2 i cała droga główna M2-4 Od tego czasu status trasy w każdym z tych krajów jest różny i ewoluuje na przestrzeni lat. Przeprowadzone przebudowy lub rozbudowy poszczególnych odcinków spowodowały, że na kilkunastokilometrowym odcinku w Słowenii dawna Magistrala uzyskała kategorię drogi ekspresowej oraz przekrój dwujezdniowy, czteropasowy (po dwa pasy ruchu w każdym kierunku). Na wielu fragmentach w Słowenii, Chorwacji i Czarnogóry, Magistrala - pomimo utrzymania przekroju jednojezdniowego - posiada trzy pasy ruchu (model 2+1). W Chorwacji - po oddaniu do użytkowania autostrad A1 i A7 - utraciła natomiast status głównej arterii komunikacyjnej w układzie południkowym. W Czarnogórze znajduje się jedyny odcinek Magistrali nie poprowadzony lądem.