właścicielami Podhajec byli przedstawiciele szlachty ruskiej/ukraińskiej, Kniehiniccy. Miasto leżało wówczas na lewym brzegu Mużyłówki (dziś ta część Podhajec nosi nazwę Stare Miasto i stanowi jedno z przedmieść). Elżbieta Kniehinicka wyszła za mąż za Michała z Buczacza herbu Abdank, wojewodę podolskiego, który poległ w walce z Tatarami w 1438. W pierwszej połowie XV w. Michał Buczacki ufundował w Podhajcach pierwszy kościół rzymskokatolicki. Po zniszczeniu przez Tatarów fundację świątyni odnowił w 1463 jego syn Jakub (zm. 1501). W tym samym okresie (1446) wzmiankowana jest również pierwsza cerkiew.
Od ostatniego przedstawiciela rodu Buczackich Podhajce od 1534 przeszły w ręce rodziny Wolskich herbu Półkozic: Mikołaj Wolski wykupił u biskupa Jakuba Buczackiego za 10.000 florenów miasto Podhajce oraz klucz podhajecki Reprint. Kraków, 1989. .. W 1539 Mikołaj Wolski uzyskując od Zygmunta I stosowny przywilej, wprowadził w Podhajcach prawo magdeburskie. Rok 1539 jest najczęściej podawaną datą powstania miasta.