22 lutego 1934 awansował na kapitana ze starszeństwem z dniem 1 stycznia 1934 i 78. lokatą w korpusie oficerów piechoty. Walczył w kampanii wrześniowej w składzie 201 pułku piechoty. Od początku okupacji działał w polskiej konspiracji – najpierw w Związku Walki Zbrojnej, następnie w Armii Krajowej.
Od lipca 1944 był dowódcą batalionu „Pięść”, na czele którego walczył w powstaniu warszawskim. 16 sierpnia został dowódcą Grupy „Kampinos”, a 13 września 1944 dowódcą 13 pułku piechoty Armii Krajowej. Pod koniec września podjął na czele swego oddziału próbę przebicia się w rejon Gór Świętokrzyskich. Na skutek błędnych decyzji zakończyła się ona klęską. Grupa „Kampinos” została otoczona i rozbita przez Niemców 29 września 1944 w bitwie pod Jaktorowem. Kotowski zginął podczas tego boju w niewyjaśnionych okolicznościach. Został pochowany na cmentarzu wojennym w Budach Zosinych.