Do skutków ubocznych zalicza się senność, obniżenie nastroju, bóle głowy, poczucie zmęczenia oraz zaburzenia pamięci. Ma właściwości uzależniające, przez co jest odradzany jako lek pierwszego rzutu w leczeniu zaburzeń lękowych. Dłuższe stosowanie może spowodować wystąpienie zespołu abstynencyjnego oraz, po odstawieniu, nasilenie objawów lękowych. U osób z depresją przebiegającą z myślami samobójczymi alprazolam zwiększa ryzyko samobójstwa. Poza tym, jak wszystkie leki z grupy benzodiazepin, alprazolam może upośledzać sprawność psychofizyczną, przez co w Polsce prowadzenie pojazdów w trakcie jego stosowania jest przestępstwem.
Alprazolam jest często używany w celach pozamedycznych. Dawki większe, typowo ponad 2 mg wywołują uczucie rozluźnienia, pozbawiają zdolności do odczuwania emocji (w tym negatywnych), mogą wywoływać zachowania niestosowne do sytuacji, pewność siebie z uwagi na działanie przeciwlękowe oraz uczucie określane jako „obojętność wobec świata”. W dawkach jeszcze większych następuje półsen mogący w przypadku połączenia z alkoholem przejść do śpiączki, a nawet śmierć (w zależności od tolerancji).