Następnie zamieszkała w pałacu królewskim w Coimbrze.
Para królewska miała dwoje dzieci: córka Konstancja, poślubiła Ferdynanda IV Kastylijskiego, zostając królową Kastylii-Leónu, syn Alfons, został królem Portugalii jako Alfons IV Dzielny.
Małżeństwo nie należało na najszczęśliwszych gdyż Elżbieta była bardzo pobożna i religijna, natomiast Dionizy - porywczy i lekkomyślny. Dionizy miał również pozamałżeńskie dzieci, a małżonkę lżył i poniżał w obecności swoich kochanek. Ona modliła się o jego nawrócenie, zajmowała się też wychowaniem dzieci swoich, jak i metres króla.
Nieślubny syn Dionizego, Afonso Sanches, był faworyzowany przez ojca. Jego brat przyrodni Alfons, prawowity następca tronu, poczuł się zagrożony i w 1323 ogłosił, że zamierza wystąpić zbrojnie przeciwko ojcu i jego bastardowi. Interwencja Elżbiety pozwoliła zażegnać konflikt mogący zdestabilizować królewstwo.
Dionizy zmarł w 1325 i Alfons odziedziczył tron. Elżbieta udała się na pielgrzymkę do Santiago de Compostela, jadąc na ośle, a ostatni etap pokonując pieszo.