Okres II wojny światowej Szkoła działała do sierpnia 1939 roku, gdy wydane zostało polecenie odesłania dzieci do domów. Nauczyciele wyjechali z Bytomia ostatnimi pociągami do Polski. Potem nastąpiły masowe aresztowania polskich działaczy, w tym wielu nauczycieli Gimnazjum. W Buchenwaldzie zginęli Stanisław Olejniczak, który pracował w szkole od początku jej istnienia, oraz zarządca internatu – Antoni Józefczak. W Dachau zginął nauczyciel religii – ks. Franciszek Nawrot. Rodziny uczniów wysiedlono.
Powstanie Liceum Ogólnokształcącego thumb|250px|Grupa uczniów Gimnazjum Polskiego w Bytomiu W 1945 roku szkoła została reaktywowana. Kilku nauczycieli, którzy zgłosili się do pracy było dawnymi nauczycielami Gimnazjum Polskiego. W 1946 szkoła przyjęła imię Jana Smolenia.
Dyrektorzy Gimnazjum Polskiego mały|Miłosz Sołtys mały|Wiktor Nechay de Felseis mały|Florian Kozanecki mały|Piotr Miętkiewicz mały|Pracownicy Polskiego Gimnazjum w 1932 roku Miłosz Sołtys Wiktor Paweł Nechay de Felseis (1932–1936) Florian Kozanecki (1936–1937) Piotr Miętkiewicz (1937–1939)