Paragwaj stał się pierwszą południowoamerykańską niepodległą republiką.

Francia dobrał sobie do współpracy dwóch generałów, nie potrafił jednak znaleźć z nimi wspólnego języka, w rezultacie czego wystąpił z rządu, pozostawiając go w stanie paraliżu, po czym wyjechał na prowincję w celu podburzania nieusatysfakcjonowanych posiadaczy ziemskich. Plan ułatwiła mu trwająca wojna hiszpańsko-argentyńska, gdy Parana, właściwie jedyna droga umożliwiająca Paragwajowi eksport i import towarów, stała się niedostępna dla żeglugi. Dążył również do zdobycia zaufania lokalnych Indian Guarani, reprezentując skrajną pogardę wobec osób pochodzenia hiszpańskiego.

Kiedy junta z Buenos Aires przysłała do stolicy Asunción swego przedstawiciela, Francia oskarżył Argentyńczyków o zamiary uzyskania metodami dyplomatycznymi tego, czego nie udało im się przedtem osiągnąć zbrojnie. Rządzący z pięcioosobowej junty mieli hiszpańskie pochodzenia, przez co nie cieszyli się zaufaniem w kwestii postawienia na pierwszym miejscu spraw Paragwaju. Francia wyraził zgodę na zaoferowany przez nich powrót do władzy, domagał się jednak rządów samodzielnych. Objął stanowisko konsula, a później ogłosił się dożywotnim dyktatorem. Zyskał przydomek „El Supremo”.