W 1598 roku rektor Jan Mylius przeprowadził reformę elbląskiego gimnazjum, które zostało podniesione do rangi gimnazjum akademickiego. Rozszerzono wtedy zakres nauki języków: polskiego, niemieckiego, łaciny, greki oraz filozofii i teologii. Nowy zarządca szkoły wprowadził wiele zmian administracyjnych, m.in. powstał rejestr przyjmowanych uczniów. Gimnazjum składało się z dziewięciu klas. Organizowano w nim spektakle teatralne i koncerty. Renoma szkoły dotarła także za granicą. Do Elbląga przybywali uczniowie z Rzeczypospolitej, Holandii, Niemiec, Węgier oraz innych krajów.
Mylius przyczynił się także do powstania biblioteki przy gimnazjum elbląskim. W roku 1601 zakupił księgozbiór po swoim zmarłym poprzedniku na stanowisku rektora Gimnazjum Elbląskiego Tomaszu Rotusie za sumę 200 florenów ofiarowanych przez radę miejską Elbląga. W księgozbiorze przeważała literatura teologiczna oraz dzieła klasyków greckich i rzymskich. Przez lata kierowania Myliusa szkołą księgozbiór szybko się rozrastał, przede wszystkim dzięki zakupom dokonywanym z funduszy pochodzących z datków elblążan i rady miejskiej oraz dzięki darom książkowym po zmarłych profesorach, burmistrzach, pastorach i innych notablach miejskich (część z księgozbioru przetrwała do dzisiejszych czasów).