Historia Linie lotnicze „Sibir” zostały zarejestrowane jako autonomiczne przedsiębiorstwo państwowe w maju 1992 w mieście Ob na Syberii. Powstały one poprzez przekształcenie w oddzielny podmiot „Zjednoczonego Tołmaczewskiego Oddziału Lotniczego” (Толмачевский объединенный авиаотряд) Aerofłotu. Ten stacjonujący na nowosybirskim lotnisku Tołmaczowo oddział dawnego monopolisty istniał od roku 1957 obsługując rejsy krajowe, w pierwszej kolejności do Moskwy. W 1991 samolot z „Oddziału Tołmaczewskiego” wykonał pierwszy międzynarodowy rejs do Chin. W 1994 linie zostały sprywatyzowane i dołączyły do organizacji IATA. W tym samym roku linia otworzyła pierwsze połączenie z Europą na trasie Nowosybirsk – Frankfurt. Do końca lat 90 linia koncentrowała się głównie na połączeniach krajowych z Nowosybirska. W 1999 linia przeszła kilka fuzji z małymi regionalnymi liniami, co polepszyło jej pozycję na rynku rosyjskim. W tym roku linia otworzyła swoją bazę na lotnisku Port lotniczy Wnukowo w Moskwie. Od 2002 wszystkie loty linii Sibir Airlines z Moskwy zostały przeniesione na lotnisko Domodiedowo. W tym samym roku linie rozpoczęły współpracę z ormiańskimi liniami lotniczymi Armavia. W marcu 2005 linia zmienia swoją nazwę na S7 Airlines, oraz przemalowała część swoich samolotów w zielone barwy, które były częścią nowego marketingu linii.