thumb|220px|left|Eugeniusz Eibisch ze studentką W 1939 roku powrócił do Polski i osiadł w Krakowie, gdzie pracował jako profesor na tamtejszej ASP (w latach 1945–1950 rektor tej uczelni).
Sygnatariusz apelu sztokholmskiego w 1950 rokuDziennik Polski, rok VI, nr 91 (1861), Kraków 1 kwietnia 1950 roku, s. 2.. Od 1962 był członkiem Ogólnopolskiego Komitetu PokojuSkład Ogólnopolskiego Komitetu Pokoju, "Trybuna Ludu", nr 163, 14 czerwca 1962, s. 4..
W 1955 otrzymał Nagrodę Państwową I stopnia za twórczość malarską w minionym 10-leciu. W 1960 w Nowym Jorku otrzymał nagrodę Fundacji Solomona R. Guggenheima przyznawaną wybitnym malarzom.
Był mężem Franciszki z domu Sylber (1900–1983). Powołał Fundację im. Franciszki Eibisch, której celem jest promocja młodych artystów malarzy.
Zmarł w Warszawie, pochowany na cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera C39-2-4).
Ważniejsze prace thumb|160px|Grób Eugeniusza Eibischa i jego żony Franciszki Martwa natura z rybą (1938) Rudy chłopak (1958) Pejzaż z Jugosławii (1967)